Така наречените “второ поколение” биогорива се добиват от биомаси, които не са основни хранителни източници, и по този начин избягват дилемата “храна срещу гориво”, опетнила биогорива като царевичния етанол например.
Биогоривата второ поколение могат да се добиват от негодни за консумация остатъчни странични продукти като листа, люспи, стебла,  както и други промишлени отпадъци като дървесни стърготини или плодови люспи и обелки. Такива култури са т. нар. стрелковидна трева (Panicum virgatum – трева разпространена в западните щати, използвана за сено) и ятрофа (Jatropha curcas – разпространено в Африка и Азия).
Компания от Великобритания генетично е модифицирала бактерия, която превръща компост и други хранителни отпадъци в биогориво. Тя отваря първия завод за биоетанол на острова през 2008 г., но в момента техния продукт среща много по-голям интерес на американския пазар, отколкото в Европа.